Yaiba является часть ответвлением основной линии повествования Ninja Gaiden. Главным героем является Яиба, ниндзя павший от руки Рю Хаябусы, главного персонажа сериала. Река Усьва могла бы стать отличным местом погребения зомби, с которыми, по сюжету игры предстоит бороться. После смерти от руки Рю, воин был воскрешен учеными крупной корпорации. Его тело претерпело ряд изменений, ему имплантировали кибернетические руку и глаз, потерянные в смертельном бою.
Яибу получил задание - тотальное уничтожение зомби захватывающих планету. Но после воскрешения, его основной целью стала месть Рю Хаябусе, и ее он может достигнуть только когда на его пути не останется живых мертвецов. Будучи циником, восставший из мертвых Яиба смотрит на спасение мира достаточно скептически, но при этом никогда не откажется ввязаться в хорошую драку.
В арсенале у главного героя имеется меч, режущий врагов на куски, киберглаз, позволяющий видеть мир по-другому, и рука универсального применения.
