Не долетев до следующей цели, Сато возвращается на авиабазу. План Нагаи почти провален, однако на помощь внезапно приходит Кайто, что оборачивается настоящим бедствием. Теперь Кэю придется сделать нелегкий выбор: наконец сдаться и прекратить бесконечную войну с Сато, либо продолжить изнуряющую борьбу посреди воцарившегося хаоса.
Заявив о своем уходе, Сато собирается покинуть Японию. В это время команда Нагаи и «Антинел» пытаются справиться с последствиями Flood и защитить мирных жителей от взбесившихся IBM. В пылу погони за Сато сам Кэй падает с высоты, из-за чего теряет память. Удастся ли ему вернуть воспоминания и продолжить финальную гонку за неуловимым врагом?..
Заняв авиабазу, Сато объявляет начало третьей волны и угрожает захватить власть над страной. Кэй раскрывает его план и придумывает способ помешать ему, но сможет ли команда Нагаи остановить начавшееся уничтожение правительственных учреждений? В это же время, вопреки приказу начальства, полковник Кома вызывает «Антинел»...
Пока Сакура старательно собирает карты, к ним в школу приходит на работу новая учительница Кахо Мидзуки, и она очень таинственная девушка. Общаясь с ней, Сакура узнает, что она помогает как жрица в храме, предсказывает будущее, как-то связана со всем необычным, а Сяолан вообще называет Мидзуки-сэнсэй волшебницей! Кто она такая? Хочет навредить? Или помочь? И что ее связывает с Тоей, братом Сакуры?
Сакура ловит последнюю карту, и тут же является второй хранитель печати — загадочный Юэ, которого нарекли судьей. Он должен устроить Сакуре тяжелейшее испытание, чтобы узнать, готова ли она стать владычицей карт Клоу. Наконец все тайное становится явным, и отступать больше нельзя. Ведь если Сакура не справится, она «принесет погибель» своему миру и обречет на большое несчастье всех близких и дорогих людей!
День за днем Эриоль испытывает Сакуру, устраивая для нее волшебные ловушки. Постепенно карты Клоу меняют свой облик, подстраиваясь под силу новой владычицы. Скоро грянет буря… Но Юэ, второй хранитель Сакуры и волшебных карт, к ней не готов: он вот-вот исчезнет. А вместе с ним и Юкито! Кто поможет ему? И что Тоя безуспешно пытается сказать Юкито?
Прошло девять месяцев, Сакура по-прежнему собирает карты, хорошо учится и проводит время с друзьями. Но тут в их класс посреди учебного года переводится мальчик по имени Сяолан. Ничего не объясняя, он требует от Сакуры отдать карты Клоу! Сакура теряется, но ее поддерживает Кербер и говорит, что ее волшебной силы хватит, чтобы со всем справиться. Вот только карты прознали о Сакуре и все чаще пытаются на нее напасть. В итоге пострадает даже ее старший брат — вредина Тоя!
Таинственная Мидзуки-сэнсэй становится предвестником больших перемен: скоро в городе разразится нечто масштабное и страшное! Сакура собирает последние карты, и те устраивают ей тяжелые испытания, проверяя на прочность, силу воли и чистоту сердца. Хорошо, что рядом есть Сяолан и верный Кербер… Но погодите! Неужели Кер-тян наконец-то примет свою истинную форму?! Каков он из себя — Зверь печати?
Наконец-то Сакура прошла все испытания и стала полноправной владычицей карт. Но почему в городке Томоэда так неспокойно? Почему то там, то здесь Сакура чувствует присутствие Клоу Рида? Вдобавок в класс Сакуры переводится загадочный мальчик Эриоль, с приходом которого начинается череда странных событий и совпадений… И почему на него обозлился Сяолан?