Не долетев до следующей цели, Сато возвращается на авиабазу. План Нагаи почти провален, однако на помощь внезапно приходит Кайто, что оборачивается настоящим бедствием. Теперь Кэю придется сделать нелегкий выбор: наконец сдаться и прекратить бесконечную войну с Сато, либо продолжить изнуряющую борьбу посреди воцарившегося хаоса.
Заняв авиабазу, Сато объявляет начало третьей волны и угрожает захватить власть над страной. Кэй раскрывает его план и придумывает способ помешать ему, но сможет ли команда Нагаи остановить начавшееся уничтожение правительственных учреждений? В это же время, вопреки приказу начальства, полковник Кома вызывает «Антинел»...
Заявив о своем уходе, Сато собирается покинуть Японию. В это время команда Нагаи и «Антинел» пытаются справиться с последствиями Flood и защитить мирных жителей от взбесившихся IBM. В пылу погони за Сато сам Кэй падает с высоты, из-за чего теряет память. Удастся ли ему вернуть воспоминания и продолжить финальную гонку за неуловимым врагом?..